
Tras la conquista española, el territorio que actualmente ocupa el municipio de Villa Canales era parte del convento de Amatitlán, dirigido por la Orden de Predicadores. Estos tuvieron que entregar sus doctrinas al clero secular en 1754, aunque este no estaba preparado para hacerse cargo de ellas, como lo reporta el arzobispo Pedro Cortés y Larraz en su informe del estado de su arquidiócesis en 1770.
Tras la Independencia, las nuevas autoridades utiliaron la organización que tenían las doctrinas católicas para establecer la division política de los nuevos Estados centroamericanos. Posteriormente, ya en el año de 1839 la asamblea constituyente del estado de Guatemala, decreta formar el distrito de Amatitlán, formado por la ciudad de Amatitlán, y los poblados de San Cristóbal, Palín, Villa Nueva, San Miguel y Santa Inés Petapa y Pueblo Viejo. Posteriormente, en 1866, Amatitlán fue elevado a la categoría de departamento.
El 3 de junio de 1912 Pueblo Viejo fue convertido en municipio y el 21 de agosto de 1915 la corporación municipal se reunió con el entonces presidente, licenciado Manuel Estrada Cabrera, para cambiar el nombre del municipio por el de “San Joaquín Villa Canales”, en conmemoración del natalicio de la madre del presidente, Joaquina Cabrera quien había fallecido en 1908.
El cambio de nombre fue aprobado el 23 de septiembre de 1915, y fue oficial hasta que el presidente Estrada Cabrera fue derrocado en abril de 1920. El nuevo presidente, el ciudadano Carlos Herrera y Luna, emitió un acuerdo gubernativo el 3 de mayo de 1920, ordenando suprimir los nombres del expresidente y de sus familiares de cualquier lugar que los tuvieran. Esto incluía municipios, la Universidad Nacional, numerosas instituciones y establecimientos educativos. De esta forma, el municipio que nos ocupa pasó a llamarse simplemente “Villa Canales”.
El departamento de Amatitlán fue suprimido por decreto legislativo 2081 del 29 de abril e 1935 durante el gobierno del general Jorge Ubico como parte de una reorganización administrativa del país para ahorrar recursos debido a la Gran Depresión. Con este cambio, Villa Canales pasó a la jurisdicción del Departamento de Guatemala.
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