El 2 de febrero de 1838, luego del colapso del gobierno del Dr. Mariano Gálvez, los criollos liberales se reunieron en la ciudad de Quetzaltenango y se declararon independientes del Estado de Guatemala, debido al inminente retorno de los criollos conservadores y autoridades eclesiásticas al poder. Los liberales se autodenominaron “Estado de Los Altos” y contaban con un territorio nada despreciable: ocupaban Soconusco (actualmente en México) y los departamentos de Quetzaltenango, Totonicapán y Sololá, que en esa época eran enormes y comprendían a los modernos departamentos de Huehuetenango, Quiché, Suchitepéquez, San Marcos y Retalhuleu, además de los ya mencionados. Con la creación de este estado, los liberales tenían suficiente territorio y recursos naturales para progresar y contaban con salida al Océano Pacífico en las costas de San Marcos, Retalhuleu y Suchitepéquez para poder exportar sus productos.
El 15 de febrero de ese año, el gobierno del Estado de Guatemala conoció el asunto y lo trasladó al ya muy debilitado Congreso Federal de Centro América en San Salvador (donde estaba el Distrito Federal de Centroamérica desde 1835)para que resolviera. Dado que el gobierno de Guatemala estaba controlado por los conservadores católicos y el gobierno federal lo estaba por el general liberal Francisco Morazán, era cuestión de tiempo que se creara formalmente el nuevo estado.
A pesar de la autorización federal y del apoyo de Morazán, las relaciones entre Guatemala y Los Altos nunca fueron cordiales y ambos estados se armaron hasta los dientes con la ayuda del consul británico Frederick Chatfield, quien había abandonado la capital federal y se había mudado a la Ciudad de Guatemala por sus desaveniencias con el presidente Morazán. Chatfield no estaba de acuerdo con la formación de un estado fuerte e Centroamérica e hizo cuanto pudo para que se desmembrara en los pequeños estados que actualmente ocupan la región.
Los criollos liberales impusieron en su nuevo territorio las leyes laicas que Mariano Gálvez y José Francisco Barrundia intentaron establecer infructuosamente en Guatemala con los malogrados Códigos de Livingston y mantuvieron el impuesto indígena que ya había sido derogado por los conservadores. Esto hizo que los indígenas del estado rechazaran al nuevo gobierno y se mantuvieran protestando hasta que el 1 de octubre de 1839 un grupo de campesinos fue reprimido violentamente en Santa Catarina Ixtahuacán por los militares altenses, provocando por lo menos cuarenta muertos. En los libros de la época, los historiadores liberales refieren el incidente simplemente como “un escarmiento para los bárbaros“, pero esto sería el inicio del fin del Estado de Los Altos, pues los campesinos fueron a Guatemala a pedir ayuda al general mestizo Rafael Carrera, quien era el que verdaderamente gobernaba en el Estado apoyando al Jefe de gobierno Mariano Rivera Paz, y quien para marzo de 1840 recuperó el territorio de Los Altos para Guatemala a sangre y fuego.
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