Para 1839 la República Federal de Centro América por la que tanto habían luchado los criollos liberales prácticamente había colapsado, aunque su principal caudillo, el general Francisco Morazán seguía siendo el presidente federal. La figura del general Rafael Carrera en Guatemala iba a ser decisiva para terminar tanto con la Federación como con la carrera política del caudillo hondureño, ya que Carrera guardaba un enorme resentimiento hacia Morazán por las atrocidades que este había cometido contra los campesinos del Oriente guatemalteco y contra su propia familia y no iba a descansar hasta derrotar al caudillo liberal.
El 6 de abril de 1839 Morazán se enfrentó al general hondureño Francisco Ferrera, en la batalla del Espíritu Santo, cerca del rió Lempa. Ferrera había pactado una alianza con Carrera y aunque las tropas federales alcanzan el triunfo, quedaron debilitadas. Esto sirvió para que los criollos liberales salvadoreños ratificaran su confianza en Morazán fuera elegido presidente de El Salvador.
Carrera contraatacó.
El 24 de julio de 1839, Nicaragua y Guatemala celebraron un tratado de alianza en contra del gobierno salvadoreño, al mismo tiempo que Carrera llamó a los salvadoreños a la insurrección popular, lo que provocó algunos levantamientos, que fueron vencidos sin mucho esfuerzo por el gobierno de Morazán.
La ofensiva contra el gobierno de Morazán persistió. Al no lograr subvertir desde dentro la autoridad del presidente salvadoreño, tropas hondureñas y nicaragüenses invadieron el país a finales de septiembre de 1839. Nuevamente el general Morazán, con seiscientos salvadoreños derrota en la batalla de San Pedro Perulapán a los más de dos mil invasores comandados por los generales conservadores.
Al enterarse de que Carrera había retomado por la fuerza el Estado de Los Altos (que era el refugio de los criollos liberales en el occidente de Guatemala), y envalentonado por su reciente victoria, Morazán decidió invadir Guatemala por segunda vez y acabar con el general campesino de una vez por todas. La derrota que sufrió en la Ciudad de Guatemala en 1840 a manos de las fuerzas de Carrera sería el final de la Federación y de la carrera política de Morazán.
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