La llamada «Tricentenaria Universidad de San Carlos» en realidad no lo es tal, ya que la institución actual es muy diferente en forma e ideología de la Real y Pontifica Universidad de San Carlos de Borromeo, que se fundó en 1676. Originalmente, la institución superior se encargaba de otorgar grados en latín y derecho canónico y de enseñar doctrina católica, y eventualmente incorporó los estudios de medicina, aunque solamente llegó a graduar a un puñado de estudiantes. Tras la Independencia fue solamente Pontificia, pero siguió con el mismo plan de estudios y debido a la Guerra Civil Centroamericana fue clausurada en 1832 y sustituida por la Academia de Ciencias y Estudios, que era completamente laica. Esta nueva academia también fue cerrada tras la rebelión de la Montaña contra el régime de Mariano Gálvez y la antigua Pontificia Universidad fue restablecida, quedando vigente hasta 1873, cuando fue definitivamente clausurada y sustituida por las Escuelas Facultativas de Derecho y Notariado y de Medicina y Farmacia. Brevemente convertida en la «Universidad Manuel Estrada Cabrera» entre 1918 y 1920, la Universidad de San Carlos que se conoce actualmente fue establecida en 1945, luego de la Revolución de Octubre de 1944.

Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo:
- 18 de abril de 1563: fallece el obispo Francisco Marroquín en San Juan del Obispo (Marroquín había fundado un colegio en 1562 junto con los dominicos, y luego dejó una donación para el mismo. Este fue el Colegio de Santo Tomás)
- 9 de enero de 1630: fallece el obispo de Guatemala, Fr. Juan Zapata y Sandoval, O.S.A. (el obispo Zapata bendijo el primer templo de los jesuitas en Guatemala e intentó convertir el colegio de Santo Tomás en universidad)
- 14 de enero de 1646: el correo mayor y alguacil del Santo Oficio, Pedro Crespo Juárez, dota con fuerte suma para el establecimiento de varias cátedras (esto dió lugar a que el rey de España aprobara la creación de la Universidad en Guatemala en el Colegio de Santo Tomás operado por los dominicos)
- 18 de mayo de 1647: el director del colegio de la Companía de Jesús solicita al ayuntamiento informar al rey que dicho colegio estaba confiriendo grados de bachiller, licenciado, maestro y doctor
- 7 de enero de 1681: con poco más de sesenta estudiantes, la Real Universidad de San Carlos de Borromeo inicia lecciones en cinco de sus nuevas cátedras
- 9 de junio de 1686: se emite una Real Cédula organizando el claustro y la administración de la Real Universidad de San Carlos
- 2 de julio de 1725: fallece el Dr. Juan Bautista Alvarez de Toledo, quien fuera obispo de Guatemala de 1713 a 1723 (Alvarez de Toledo fue catedrátido de la doctrina de Escoto en la Universidad, y obtuvo su doctorado en la misma por gracia del rey)
- 4 de marzo de 1751: los terremotos de San Casimiro destruyen la ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala (el edificio de la Universidad fue dañado severamente)
- 29 de junio de 1773: terremotos de Santa Marta destruyen la ciudad de Santiago de los Caballeros (el nuevo edificio de la Universidad sobrevivió muy bien el terremoto, pero fue abandonado junto el resto de la ciudad y utilizado como bodega y parroquia por los antigüeños)
- 20 de junio de 1793: la Corona Española aprueba la creación del Protomedicato en la Capitanía General de Guatemala
- 27 de septiembre de 1793: muere en el exilio en Bolonia, Italia, el poeta y sacerdote jesuita Rafael Landívar (el poeta fue egresado y catedrático de la Universidad)
- 10 de enero de 1812: fundan la Universidad de León en el seminario conciliar de esa ciudad en Nicaragua
- 22 de abril de 1812: la Gaceta de la Regencia de España y Guatemala exalta la labor de José de Aycinena en contra del alzamiento independentista en El Salvador en 1811 (Aycinena había sido catedrático y rector de la Universidad)
Pontificia Universidad de Guatemala (1821-1831):
- 15 de septiembre de 1821: Centroamérica proclama su Independencia del Imperio Español (las autoridades eclesiásticas en la Universidad tuvieron un papel preponderante en la firma del Acta de Independencia)
- 30 de noviembre de 1821: ocurre la primera refriega entre partidos políticos en Guatemala, con el resultado de dos ciudadanos muertos (los republicanos habían salido de una reunión en el edificio de la Universidad)
- 7 de abril de 1826: el Congreso de la República Federal de Centro América arrienda el edificio de la Universidad de San Carlos por una renta anual de 600 pesos
- 25 de octubre de 1830: la Asamblea del Estado de Guatemala se niega a ayudar a la Escuela de Medicina pese al paupérrimo estado de ésta
Academia de Ciencias y Estudios (1831-1839):
- 1 de marzo de 1832: se establece la Academia de Ciencias y Estudios en sustitución de la Nacional y Pontificia Universidad
- 16 de octubre de 1832: se inician las cátedras de Historia Universal en la Academia de Ciencias y Estudios
- 13 de julio de 1837: el jefe del Estado Mariano Gálvez envía una circular para reforzar la recaudación de fondos para la Academia de Ciencias y Estudios
Nacional y Pontificia Universidad (1840-1871):
- 28 de octubre de 1840: tras recuperar el poder en Guatemala, los conservadores restablecen la antigua Universidad de San Carlos, que había sido clausurada por los liberales en 1832
- 7 de noviembre de 1840: la Asamblea Constituyente del Estado de Guatemala establece la Faculta de Medicina de la Pontificia Universidad de San Carlos
- 26 de junio de 1846: fracasa atentado contra la vida de Rafael Carrera durante las exequias fúnebres del arzobispo Ramón Casaus y Torres (la mayoría de los conjurados eran estudiantes de la Nacional y Pontificia Universidad)
- 23 de junio de 1851: muere el licenciado Alejandro Marure, primer historiador oficial y primer catedrático de Geografía e Historia en Guatemala (Marure había sido catedrático en la Academia de Ciencias y Estudios)
- 3 de agosto de 1853: se promulga en Guatemala el Concordato con la Santa Sede por medio del cual se le entregaba a la Iglesia Católica la educación pública del país a cambio de indulgencias
- 1 de abril de 1854: se manda a imprimir y publicar el concordato suscrito del 7 de octubre de 1852 entre la Santa Sede y la República de Guatemala
- 22 de septiembre de 1855: se modifican los estatutos de la Nacional y Pontificia Universidad de San Carlos para cumplir con los estipulado en el Concordato de 1852 sobre los estudios eclesiásticos
- 17 de julio de 1856: el gobierno del general Rafael Carrera emite un decreto para proporcionar fondos adicionales a la Nacional y Pontificia Universidad de San Carlos
- 17 de febrero de 1865: muere Juan José de Aycinena y Pinol, marques de Aycinena, obispo de Trajanópolis, rector de la Pontificia Universidad de San Carlos y Ministro de Asuntos Eclesiásticos
- 12 de marzo de 1873: queda suprimido y abolido el fuero eclesiástico tanto en materia civil como criminal (esto afectaba directamente a la Universidad, que todavía era Pontificia)
- 17 de octubre de 1873: exoneran a los estudiantes universitarios de prestar el servicio militar mientras que se endurece el reclutamiento de indígenas que laboran en fincas cafetaleras
Escuelas facultativas (1871-1918)
- 1 de julio de 1875: extinguen la Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo y la sustituyen por la Universidad Nacional
- 1 de enero de 1877: dado el auge económico de la región de Los Altos, se inaugura la Universidad de Occidente en Quetzaltenango
- 13 de diciembre de 1879: el gobierno del general J. Rufino Barrios emite la Ley Orgánica y Reglamentaria de Instrucción Pública (esta ley creó las Escuelas Facultativas en que se separó la Universidad hasta 1944)
- 12 de abril de 1888: fallece el eminente médico José Luna, quien fuera Protomédico de Guatemala de 1860 a 1872
- 28 de julio de 1889: nace el eminente médico y catedrático Carlos Federico Mora
- 9 de mayo de 1894: la Asamblea Legislativa ordena el traslado de los restos del general Miguel García Granados del antiguo Cementerio San Juan de Dios al entonces nuevo Cementerio General (los estudiantes de las Escuelas Facultativas hicieron valla ceremonial al paso del cortejo que llevó los restos de García-Granados)
- 9 de diciembre de 1897: el general presidente José María Reina Barrios corre el ciclo escolar de 1898 de enero al 1 de mayo (de esta forma se ahorraba el salario de los maestros y catedráticos universitarios de enero a abril)
- 19 de octubre de 1899: nace en la Ciudad de Guatemala el escritor Miguel Angel Asturias
- 20 de marzo de 1901: el gobierno del licenciado Manuel Estrada Cabrera reglamenta la instrucción militar en las Escuelas Facultativas
- 26 de abril de 1902: la Asamblea Legislativa aprueba el reglamento del ejercicio de la profesion de Farmacia
- Viernes de Dolores de 1903: primera víctima mortal entre los estudiantes de la Escuela Facultativa de Derecho y Notariado
Universidad «Estrada Cabrera» (1918-1920):
- 2 de mayo de 1918: Las Escuelas Facultativas son incorporadas a la Universidad «Estrada Cabrera» de Guatemala
- 11 de marzo de 1920: multitudinaria manifestación unionista en contra del gobierno del licenciado Manuel Estrada Cabrera (los estudiantes de la Universidad Estrada Cabrera tuvieron un papel importante en la manifestación)
- 15 de abril de 1920: tras una semana de combates, negociaciones y sobornos capitula el presidente Manuel Estrada Cabrera (los estudiantes de la Universidad «Estrada Cabrera» tuvieron un papel preponderante en las protestas contra el régimen)
- 22 de mayo de 1920: se funda la Asociación de Estudiantes Universitarios
- 29 de mayo de 1920: se logra por primera vez la participación y representación del estudiantado en la Escuela Facultativa de Medicina
- Viernes de Dolores de 1921: tras haber sido cancelada en 1903 y luego del derrocamiento de Manuel Estrada Cabrera en 1920, los estudiantes de las Escuelas Facultativas resucitan la Huelga de Dolores
- Viernes de Dolores de 1922: los estudiantes universitarios dan a conocer «La Chalana», su canto de guerra
- 20 de agosto de 1922: los estudiantes de la Escuela Facultativa de Derecho y Notariado del Centro fundan la Universidad Popular
Retorno a las escuelas facultativas:
- 28 de septiembre de 1929: Avionazo del Callejón de Dolores; muere el pionero de la aviación guatemalteca Jacinto «Chinto» Rodríguez Díaz (en el accidente murió «Chocochique» Balcárcel, jefe de la Comisión de Límites, egresado de la Universidad y antiguo presidente del Comité de Huelga)
- 3 de septiembre de 1930: se agrava la crisis universitaria cuando los estudiantes de Medicina se unen a los de Derecho exigiendo mejora en la capacitación de catedráticos y autonomía para las facultades
- 1 de julio de 1944: el general Jorge Ubico renuncia a la presidencia de Guatemala (los estudiantes de las Escuelas Facultativas tuvieron un papel preponderante en las protestas contra el régimen)
Universidad de San Carlos de Guatemala (USAC):
- 28 de noviembre de 1944: la Junta Revolucionaria de Gobierno emite el Decreto No. 17 por medio del cual se modifica completamente la estructura del gobierno (se decretó la autonomía de la Universidad Nacional)
- 1 de diciembre de 1944: entra en vigor el decreto No. 12 de la Junta Revolucionaria de Gobierno, que autoriza definitivamente la autonomía económica y administrativa de la Univerisdad Nacional
- Viernes de Dolores de 1945: después de 14 años de prohibición, los estudiantes universitarios reviven la Huelga de Dolores
- 17 de septiembre de 1945: el Consejo Superior Universitario crea la Facultad de Humanidades de la Universidad de San Carlos de Guatemala
- Viernes de Dolores de 1947: luego de que cadetes armados de la Escuela Politécnica interrumpieran la velada, el Honorabe Comité dedice enterrar la Huelga de Dolores y realizar una procesión fúnebre como protesta
- 6 de febrero de 1956: el presidente Castillo Armas aprueba la constitución liberacionista (esta nueva constitución abrió la puerta a las universidades privadas)
- 23 de marzo de 1956: el arzobispo Mariano Rossell amenaza con la excomunión a los participantes y asistentes al desfile bufo de la Huelga de Dolores
- 25 de junio de 1956: el gobierno del coronel Castillo Armas reprime violentamente una marcha de protesta organizada por la Asociación de Estudiantes Universitarios
- 18 de octubre de 1961: se firma el protocolo de fundación de la Universidad Rafael Landívar (representantes de la Universidad de San Carlos estuvieron presentes en la ceremonia en donde se firmó este protocolo)
- 13 de enero de 1971: a pesar de ir en silla de ruedas, es asesinado el diputado Dr. Adolfo Mijangos López, miembro de la comisión universitaria que se opuso rotundamente a la concesión de EXMIBAL
- 12 de febrero de 1971: se firma el convenio entre el gobierno y los representantes de EXMIBAL para la concesión de la mina de níquel en El Estor
- 3 de mayo de 1973: aparecen mordaces murales en el Campus Central en contra de los gobiernos militares y la extrema derecha
- 4 de febrero de 1976: catastrófico terremoto asola a Guatemala, causando veintitrés mil muertos y más de setenta y cinco mil heridos (la ciudad universitaria fue severamente afectada por el sismo)
- 30 de septiembre de 1978: fuerte protestas civiles contra aumento de tarifa del transporte urbano hacen tambalear al gobierno de Fernando Romeo Lucas (la Asociación de Estudiantes Universitarios tuvo un papel destacado en la organización de aquellas protestas)
- 22 de marzo de 1979: muere asesinado en la zona 9 de la Ciudad de Guatemala el eminente intelectual izquierdista Manuel Colom Argueta, quien fuera alcalde de la ciudad de 1970 a 1974 (Colom Argueta se graduó de abogado y notario por la Universidad de San Carlos y fue representante ante el Consejo Superior Universitario de 1967 a 1970)
- 31 de enero de 1980: mueren 37 personas en la quema de la embajada de España en Guatemala, entre ellas varios estudiantes universitarios
- 14 de julio de 1980: ametrallan a estudiantes dentro del Campus Central de la Universidad
- 8 de febrero de 1982: sale a la luz pública la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca que agrupó a todas las fuerzas guerrilleras en el país (el nuevo grupo hizo un mitin en la Ciudad Universitaria invitando a la rebelión esa noche)
- 19 de febrero de 1992: fallece el eminente periodista David Vela, ex-director del diario «El Imparcial» (Vela fue egresado de la Escuela Facultativa de Derecho y Notariado del Centro, y luego catedrático universitario, además de ser uno de los autores de «La Chalana» en 1922)